Compétences Bioinfo

Analyses de données NGS (séquençage haut débit)

RNA-seq

• Vérification de la qualité des banques de données
• Mapping/Alignement
• Expression différentielle de gènes

sRNA-seq

• Alignement de séquences
• Annotation

DNA-seq de novo

• Assemblage de génomes bactériens
• Assemblage de génomes plastidiques

Chip-seq

• Détection de régions enrichies

EMS

• Détection des mutations EMS

Phylogénie et recherche de similarités

• Alignement de séquences
• Blast
• Construction d’arbres phylogénétiques

Représentation et visualisation de données

• Représentations graphiques classiques (histogrammes, courbes, secteurs …)
• Diagrammes de Venn
• Circos
• IGV
• J/GBrowse