Boîte à outils
Vous trouverez ci-dessous des liens vers des tutos et outils en ligne pour différentes thématiques fréquemment demandées à l’institut.
Pour le moment les thèmes abordés sont IGV, la phylogénie, la recherche de motifs conservés, l’analyse de GO term, les statistiques. S’il y a des thèmes que vous voudriez voir apparaitre, envoyez-nous un mail.
Analyse de données RNAseq en ligne
Lorsque vous disposez d’une table de comptages de vos gènes suite à une analyse bioinformatique de données RNAseq, vous pouvez réaliser les analyses d’expression différentielle de gènes, des analyses de GO (gene ontology), ou encore de pathway directement et facilement avec l’utilisation de l’outil en ligne iDEP.
Lien vers la documentation complète
Bien formater un fichier Excel
Pour savoir comment bien formater un fichier excel pour que celui-ci soit utilisable sans modifications dans des analyses bioinformatiques voici un guide très pratique sur le sujet.
Créer des Diagrammes de Venn en ligne
https://asntech.shinyapps.io/intervene/
https://degradome.uniovi.es/cgi-bin/nVenn/nvenn.cgi
https://jvenn.toulouse.inrae.fr/app/example.html
http://www.interactivenn.net/
Déposer des données sur GEO
Voici un tutoriel vidéo qui vous montrera comment déposer vos données sur GEO.
Genome viewer
Lien vers le manuel en ligne
Lien vers des vidéos officielles de 5 minutes par thématique
Phylogénie
Analyse phylogénétique en ligne en un clic à partir d’un fichier de séquences fasta.
Outil pour l’analyse de séquences
Permet de travailler avec des séquences que vous avez déjà, ou de les récupérer sur genBank, de les aligner, faire des phylogénies, … Onglet tutorial/walk through est très bien fait avec des vidéos pour chaque type d’analyse !
Lien vers MEGA
Recherche de motifs
Outil assez intuitif en ligne qui permet de faire de la recherche de motifs à partir d’un fichier de séquences.
Lien vers MEME et une courte vidéo pour faire l’analyse.
Analyse de GO term
David permet l’analyse de GO term en partant d’une liste de gènes.
Lien vers David
Vidéo pour apprendre à faire l’analyse de GO term (12min)
WEGO est un outil qui vous permet de faire les fameux histogrammes de Go terms. Mais pour cela il faut un fichier avec la liste des gènes avec leurs GO correspondants.
Lien vers WEGO
Statistiques
Voici deux courtes vidéos qui vous permettront de répondre à la question : quel test statistique dois-je utiliser sur mes données ?
Pour commencer (10min)
Pour continuer et aller un peu plus loin