Génotypage à haut débit par HRM
Le HRM est une méthode économique pour le génotypage à haut débit.
Applications
- Génotypage de SNP (classes 1 à 4)
- Criblage de mutants Crispr/Cas9
- Détection de mutations indels
- Détection et quantification des méthylations sur l’ADN
- Identification de pathogènes
Débit
- Jusqu’à 192 échantillons en 2 heures
Instruments
Light Cycler 480 – Roche
- Blocs pour microplaques 96 et 384 puits
- Détection en Evagreen
- Génotypage et HRM
Gilson Platemaster 96
- Tête de pipetage de 96 canaux
- Pipetage de 1µL à 200 µL
Accès aux consommables
Kit Evagreen
Le mix HRM en evagreen Biorad » Precision Melt Supermix » est disponible sur la plateforme et conditionné en tubes de 1 ml.
Microplaques blanches de 384 puits et films optiques
Vous trouverez les plaques et les films dans un carton situé a proximité de l’instrument LC480-II.
Pointes pour le Gilson Plate master
Vous trouverez les pointes P200 au magasin.
Accès aux appareils et réservation
- L’utilisation des instruments se fait sous réserve d’avoir pris connaissance du mode de fonctionnement des instruments auprès du personnel de la plateforme ou d’autres utilisateurs confirmés.
- Une fois formé, vous pouvez vous aider des instructions d’utilisation des instruments, LightCycler480 et Biomek3000 (disponibles dans le labo, ne les imprimez pas)
- Les utilisateurs s’engagent à respecter le protocole d’utilisation des appareils et à ne pas installer de logiciels sur les ordinateurs de la plateforme.
- Les réservations pour le LC480 et le robot de pipetage Biomek 3000 sont obligatoires et se font sur le site intranet de l’IBMP. Ces réservations se font par créneau d’1h qui correspond à la durée d’un run standard sur le LC480. Pensez à ajuster la plage de réservation si vous utilisez des protocoles particuliers.
- Organisez-vous pour que votre run soit lancé à l’heure de la réservation de façon à ne pas pénaliser les utilisateurs suivants !
Règles de bonne conduite
- Enregistrer vos runs d’analyse dans le dossier de sauvegarde attribué à votre équipe de recherche, dans lequel vous pouvez créer un sous-dossier à votre nom d’utilisateur. Voici le chemin à suivre : « Roots> QPCR 406>Experiments>QPCR 2020>Dossier d’équipe>Dossier d’utilisateur,
- Récupérez vos fichiers «.ixo », le responsable de la plateforme procèdera à une sauvegarde annuelle sur le serveur de l’IBMP,
- Le PC relié à l’instrument ne sert qu’à piloter l’instrument et ne doit en aucun cas être utilisé pour l’analyse des résultats. Pour l’analyse de vos résultats, un autre PC avec tous les logiciels nécessaires est à votre disposition, en libre accès sur la plateforme,
- La salle et les appareils doivent rester propres après chaque utilisation. Ne laissez pas vos plaques dans l’instrument ni sur la paillasse,
- Veillez à éteindre l’instrument si aucune réservation n’a été programmée après la votre,
- Toute panne ou incident technique doit être signalé au responsable de la plateforme dans les plus brefs délais.
Activités proposées
Aide à la préparation de la plaque et à l’utilisation du Biomek3000
Protocole Biomek3000
Protocole d’utilisation du LightCycler480.
Dessin des amorces HRM
Pour un gène donné : recherche de couples d’amorces ayant la meilleure résolution en génotypage HRM pour un protocole défini à l’avance.
Logiciels utilisés : LightCycler primer Design.
Protocole de dessin des amorces avec LightCycler ici,
Analyses des résultats
Analyse des résultats de génotypage est réalisé à l’aide des applications « gene scanning », « melting cuves genotyping » ou « Uanalyse 2.1« .
Analyses statistiques.
Support technique et logiciel
Aider les utilisateurs pour la configuration et la réalisation de leur expérience, support à l’interprétation des résultats.
Communication technique
Formation permanente CNRS
Si vous êtes intéressé par la formation dispensée au CNRS, contactez le responsable de la plateforme.