Bioinformatique

La plateforme de bioinformatique conseille, propose et développe des services en bioinformatique à destination des équipes de recherches. Ses domaines couvrent plus particulièrement l’analyse de données de séquençage haut débit. La plateforme dispose d’un cluster de calcul dédié à la bioinformatique.

Personnel

Valérie Cognat  Ingénieur. Responsable de la plateforme de Bioinformatique
Stéfanie Graindorge  Ingénieur
David Pflieger  Ingénieur

Contact

Vous pouvez joindre la plateforme via l’e-mail générique ibmp-bioinfo@unistra.fr ou faire une demande sur l’outil en ligne: http://tickets.ibmp.unistra.fr/

Jours de présences

	Lundi	Mardi	Mercredi	Jeudi	Vendredi
Valérie	P	P	T	P	P
Stéfanie	P	T	TP	P	P	TP
David	P	P	P	P	P

P = Présentiel / T = Télétravail / TP = Temps partiel / C = Congé

Compétences

La plateforme de bioinformatique de l’IBMP a pour vocation de fournir des services en bioinformatiques à l’IBMP et ses partenaires :

• Mise à disposition d’une infrastructure de calcul dédiée au traitement des données biologiques. Celle-ci comprend un cluster de calcul, du stockage ainsi que la mise à disposition de webservices (JBrowse, Blast, CRISPOR, ….). Ces ressources sont mutualisées entre plusieurs instituts (IBMP, GMGM, LNCA).
• L’analyse bioinformatiques de données, notamment l’analyse de données issues du séquençage haut débit de type Illumina ou Nanopore (Expertises en assemblage de petits génomes, détection de variants, étude du transcriptome (RNA-seq et smRNA-seq), métagénomique 16S, interactions protéines/adn-arn (ChIP-seq…), méthylation.
• La conception et le développement de workflows, outils ou bases de données
• La formation sur des méthodologies et outils bioinformatiques.

Demande d’analyse ou développement bioinformatique

Selon le type de demande, un formulaire (lien ci dessous) doit être rempli et déposé sur l’outil en ligne : http://tickets.ibmp.unistra.fr/

Le formulaire doit décrire le projet, les données disponibles et les rendus de service attendus.

Suite à cette prise de contact, une réunion sera organisée afin de définir conjointement un cadre formalisé (délai, délivrables, cahier des charges, personne en charge du projet).

Il est important de noter, que dans le cadre de l’analyse de données – NGS notamment, nous n’acceptons que les projets ayant le minimum requis de témoins, réplicats, profondeur de séquençage pour effectuer des analyses statistiquement fiables.

Si vous souhaitez que nous ne reprenions un projet réalisé par une autre équipe, il sera nécessaire de nous mettre à disposition l’ensemble des données brutes, les scripts et les outils / paramètres utilisés.

Pour chaque projet, la plateforme s’engage à :

• Rédiger le matériel et méthode en lien avec l’analyse ou le développement
• Mettre à disposition de l’équipe l’ensemble des résultats obtenus (workflows, rawdata, data intermédiaires, résultats finaux et rapport d’analyse) sur le serveur dédié (smb://offshore.ibmp.unistra.fr/Bioinfo$).
• Conserver une copie de l’analyse sur l’espace de stockage dédié de la plateforme pendant 3 ans.

Formulaires :

• Pour une analyse de données NGS :
• Pour une demande de développement d’outil : 
• Pour tout autre demande :
• Pour une demande d’accès au cluster de calcul :

NB : La demande d’accès au cluster de calcul sous entend que vous acceptez la charte de fonctionnement.  

Lors d’une publication, d’un poster, d’une présentation il se doit de citer la personne de la plateforme qui a analysé vos données et tout usage du cluster de calcul implique de citer la plateforme dans les remerciements.